La Segunda División cuando se creó, generó muchas molestias por parte de la ANFA, ya que perdía el cupo directo a la Primera B y el pago de millonarias sumas de dinero para ingresar al fútbol rentado.
La Segunda División se creó el 22 de noviembre del 2011, luego de ser aprobada por el consejo de presidentes de la ANFP con 42 votos a favor y tan solo 8 votos en contra. A pesar de ser aprobado este campeonato ese año, fue recién el 2012 que comenzó a funcionar profesionalmente.
La Segunda División tuvo como idea tener en competencia a seis equipos de provenientes de la ANFA y seis equipos filiales de su misma asociación. En este campeonato descendía el último de la tabla a la Tercera División y el primero de la Tabla ascendía a la Primera B. Sin embargo los clubes filiales no podían ni subir ni bajar de categoría.
La Tercera División puso sus trabas y pidió que su división también tenga un ascenso directo a la División de la Primera B. Sin embargo, esta no fue aprobada, pero de igual forma tuvo un beneficio, ya que algunos de los equipos que estaban en Tercera División ahora era de la Segunda División.
